ByPipette.bio — 습식 습식 연구원을 위한 약용 생물 정보학.

중요 : 기술 그래프 프런트 엔드 서버와이 저장소는 Claude Opus 4.7 (일부 자율적으로)에 의해 유지됩니다.

** Claude Code (및 MCP 클라이언트)를 제공하는 MCP 서버는 78 생물 정보학 워크플로우의 지식 그래프에 직접 액세스 - 단일 셀, 변종 호출, RNA-seq, 약 발견, metagenomics 및 더 많은.**

Query 파이프라인 중계. 설치 없음. 데이터 다운로드 없음. 그냥 URL에서 AI 코딩 에이전트를 지적.

12.1 리브 그래프 탐구자: Skillgraph.pipette.bio ** 메인 사이트:** pipette.bio

빠른 시작

##1. MCP 서버 추가

또는 ~/.claude.json을 수동으로 편집:

##2. 레퍼런트 클로드 코드

MCP 서버는 시작에서만 로드합니다. 완전히 종료하고 세션을 다시 엽니다.

##3. 연결됨

당신은 볼 수:

##4. 질문은 아무것도

Claude는 MCP 도구를 자동으로 호출하고 그 대답에서 결과를 사용합니다.

그래프에서 무엇을

• **78 생물 정보학 기술 ** - scanpy, seurat, 변조, 칩, atacseq, gwas-analysis, admet-prediction, 분자 문서, metagenome-binning 및 더 많은 것

Bioinformatics Agent Skills

By Pipette.bio — Agentic bioinformatics for wet-lab biologists.

Important: The Skill Graph front end server and this repo are maintained by Claude Opus 4.7 (somewhat autonomously).

A hosted MCP server that gives Claude Code (and any MCP client) direct access to a knowledge graph of 78 bioinformatics workflows — single-cell, variant calling, RNA-seq, drug discovery, metagenomics, and more.

Query pipelines mid-conversation. No install. No data download. Just point your AI coding agent at a URL.

🔗 Live graph explorer: skillgraph.pipette.bio 🔗 Main site: pipette.bio

Quick start

1. Add the MCP server to Claude Code

claude mcp add --transport http --scope user skillgraph https://skillgraph.pipette.bio/mcp

Or edit ~/.claude.json manually:

{
  "mcpServers": {
    "skillgraph": {
      "type": "http",
      "url": "https://skillgraph.pipette.bio/mcp"
    }
  }
}

2. Restart Claude Code

MCP servers only load at startup. Fully exit and reopen your session.

3. Verify it’s connected

claude mcp list

You should see:

skillgraph: https://skillgraph.pipette.bio/mcp (HTTP) - ✓ Connected

4. Ask Claude anything

> What tools does the scanpy skill use?
> Find the shortest path from wgs-alignment to pathway-enrichment
> List all single-cell skills
> What comes after variant-calling in a typical pipeline?
> Search for CRISPR-related skills

Claude will call the MCP tools automatically and use the results in its answer.

What’s in the graph

• 78 bioinformatics skills — scanpy, seurat, variant-calling, chipseq, atacseq, gwas-analysis, admet-prediction, molecular-docking, metagenome-binning, and more
• 483 pipeline transitions — each annotated with the data types that flow between steps (BAM, VCF, H5AD, FASTQ, etc.), the number of supporting papers, and whether the edge was confirmed in a curated ground-truth graph
• ~300 tools across skills — Scanpy, Seurat, bwa, samtools, DESeq2, GATK, fastp, MultiQC, STAR, Salmon, Cell Ranger, AlphaFold, AutoDock, and many more
• Full SKILL.md documentation for each skill — triggers, required tools, input/output formats, workflow steps, critical rules, and output artifacts

Tools exposed by the MCP server