
nipreps/skills-comm
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Neuroimaging 커뮤니티 기술 repo - LLMs가 신경 자극 도구를 효과적으로 활용
개요
skill-comm은 LLM Agent (Claude Code and other Agents that read SKILL.md/AGENTS.md)를 가르치는 에이전트 스킬을 수집합니다. 실제 신경 자극 도구를 구동하는 방법. FSL, ANTs, FreeSurfer, DataLad, nipoppy 또는 SLURM 클러스터에 대한 에이전트 improvise 명령을 letting 대신, 기술은 조작 지식 - 오른쪽 플래그, 작업의 안전한 주문, 품질 관리 체크 및 재현 가드 레일 - 그래서 작업은 사람과 기계에 걸쳐 반복됩니다. 목표는 : "전문가가가 실제로이 도구를 실행하는 방법"패키지에 에이전트가 수요에로드 할 수 있습니다. - LLM이 키보드에있을 때도 소프트웨어를 사용하는 방법을 원하신다면, 사용되지 않았습니다. - 커뮤니티의 모범 사례 (BIDS, YODA/DataLad 입증, 명시된 도구 버전)를 기본으로 하는 코딩 에이전트를 원합니다. - 재사용 가능한 기술로 재현 가능한 조리법을 공유하고 싶은 분. 각 기여는 플러그인 / 자체 디렉토리로. 기여는 전체 중 하나입니다 (.
개요(AI 번역)
**LLM 코딩 에이전트를위한 신경 과학 기술의 커뮤니티 컬렉션. **
skills-comm 에이전트 스킬 수집
LLM 에이전트 (Claude Code and other Agent that read SKILL.md/AGENTS.md)
실제 neuroimaging tools correctly 및 reproducibly를 구동하는 방법. 자주 묻는 질문
FSL, ANTs, FreeSurfer, DataLad, nipoppy 또는 SLURM에 대한 에이전트 improvise 명령
클러스터, 작업 지식 인코딩 – 오른쪽 플래그, 안전한 주문
작업, 품질 관리 검사 및 재현성 난간 - 그래서 일
사람들과 기계의 맞은편에 반복 가능합니다.
목표는 operationalization: "전문가가가 실제로이 도구를 실행하는 방법"을 포장 대리인은 수요에 적재할 수 있습니다.
이 누구를 위해
- **Method 개발자 및 도구 저자 ** 소프트웨어를 원하는 것은 의미가 없었습니다. LLM이 키보드에있을 때도 사용할 수 있습니다.
- **Neuroimaging 연구원 ** 커뮤니티를 따르는 코딩 에이전트 best-practice (BIDS, YODA/DataLad 검증, 명시된 도구 버전) 기본적으로.
- Contributors는 재사용 가능한 기술로 재현 가능한 레시피를 공유하고자 합니다.
여기에 있는 것
자신의 디렉토리로 plugins/]의 각 기여.
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README
원문 README의 일부입니다. 원문 보기.
skills-comm
A community collection of neuroimaging skills for LLM coding agents.
skills-comm gathers Agent Skills
that teach LLM agents (Claude Code and other agents that read SKILL.md/AGENTS.md)
how to drive real neuroimaging tools correctly and reproducibly. Instead of letting
an agent improvise commands for FSL, ANTs, FreeSurfer, DataLad, nipoppy, or a SLURM
cluster, a skill encodes the operational knowledge — the right flags, the safe order of
operations, the quality-control checks, and the reproducibility guardrails — so the work
is repeatable across people and machines.
The goal is operationalization: turn “how an expert actually runs this tool” into a package an agent can load on demand.
Who this is for
- Method developers & tool authors who want their software used the way it was meant to be used, even when an LLM is at the keyboard.
- Neuroimaging researchers who want a coding agent that follows community best-practice (BIDS, YODA/DataLad provenance, explicit tool versioning) by default.
- Contributors who want to share a reproducible recipe as a reusable skill.
What’s in here
Each contribution lives under plugins/ as its own directory. A contribution
is either a full Claude Code plugin (with a .claude-plugin/plugin.json manifest) or a
bare skill collection (one or more SKILL.md directories). Current contributions:
| Plugin | What it operationalizes |
|---|---|
plugins/datalad-cli |
DataLad / git-annex provenance and YODA-compliant analysis datasets |
plugins/nipoppy-cli |
The nipoppy dataset-management lifecycle (curation → BIDS → process → extract) |
plugins/brain-extraction |
Brain extraction (skull stripping) and its quality control |
plugins/combat-harmonization |
ComBat-family harmonization strategy, execution, and QC |
plugins/fc-matrix-generation |
Functional connectivity matrix generation from resting-state fMRI |
plugins/job-monitor |
SLURM/PBS/LSF job monitoring and fast failure detection |
plugins/pcntoolkit |
Give the AI agent knowledge for both the normative modelling scientific background and how it can be implemented in the pcntoolkit python package |
plugins/registration |
Image registration and registration QC |
skill-iterations/ is a teaching example: the same
brain-extraction skill captured at six successive stages of refinement, showing how a raw
draft is hardened into a reliable skill (fixing YAML, removing “Claude-isms”, generalizing
across tools, improving QC). Read it to see what “good” looks like before you write your own.
Skill anatomy
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