ワークフローのための携帯可能なエージェントスキルとローカルツールのセット:

リポジトリは、全体のワークフローおよびLiterature Retrieval Skillの標準的なソースです。新しいVaultコンテンツは、01knowledge/、02vault/、03fulltext/、模板/]のレイアウトを使用します。著者のドライブレターやプライベートスクリプトを必要とするツールはありません。

要件

• Python 3.11以降。バンドルされたツールはPython標準ライブラリのみを使用しています。
• ローカルのZoteroデータベースや添付ファイルを読む場合はZotero Desktop。
• MinerUは任意です。PDF変換が必要な場合は別途インストールしてください。変換ランナーは設定時に実行可能パスを受け入れます。
• ObsidianはMarkdownの編集やナビゲーションに任意です。Dataviewは、自分のインデックスページにDataviewを使用しているユーザーにとっては任意です。
• rg(リップグレップ)は任意です。スキルはエージェントが不在の際に利用可能なプロジェクト検索ツールを使用できます。

Zoteroデータベース、PDF、プライベートVaultコンテンツ、APIパッケージ、認証情報は含まれていません。

設置

macOS/Linuxでは以下をご利用ください:

init_vault.pyは欠落しているディレクトリのみを作成し、欠落しているバンドルテンプレートのみをコピーし、ローカルのconfig.tomlは存在しない場合のみ作成します。

Zotero Analytical Workflow Skills

A portable set of agent Skills and local tools for the workflow:

Zotero → MinerU Fulltext → Analytical Notes → Knowledge → Literature Retrieval

The repository is the canonical source for the complete workflow and for the Literature Retrieval Skill. New Vault content uses one layout: 01knowledge/, 02vault/, 03fulltext/, and 模板/. No tool requires the author’s drive letters or private scripts.

Requirements

• Python 3.11 or newer. The bundled tools use only the Python standard library.
• Zotero Desktop if reading the local Zotero database or attachments.
• MinerU is optional; install it separately if PDF conversion is required. The conversion runner accepts the executable path in configuration.
• Obsidian is optional for editing and navigating Markdown. Dataview is optional for users whose own index pages use Dataview.
• rg (ripgrep) is optional. The Skills can use the agent’s available project search tools when it is absent.

No Zotero database, PDF, private Vault content, API package, or credential is included.

Installation

git clone https://github.com/cheneternity/Zotero-Analytical-Workflow-Skills.git
cd Zotero-Analytical-Workflow-Skills
py -3.11 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\Activate.ps1
python tools/init_vault.py --vault-root "E:\ResearchVault"

On macOS/Linux, use:

python3.11 -m venv .venv
source .venv/bin/activate
python tools/init_vault.py --vault-root "$HOME/ResearchVault"

init_vault.py creates only missing directories, copies only missing bundled templates, and creates a local config.toml only if it does not exist. It does not modify existing research files or Zotero data.

Set the Zotero and MinerU locations in the generated, git-ignored config.toml (format shown below), then check the setup:

python tools/check_environment.py

The checker is read-only. Zotero, MinerU and rg are optional capabilities and show WARN when not configured; missing Python, Vault folders or bundled tools show FAIL.

Configuration

Copy config.example.toml or let the initializer create config.toml. Paths are local filesystem paths; use TOML strings and forward slashes for portable examples:

[paths]
vault_root = "E:/ResearchVault"
zotero_data_dir = "C:/Users/alex/Zotero"
mineru_executable = "C:/Tools/MinerU/mineru.exe"
archive_root = "E:/ResearchVault/_staging/mineru"

Any value can be overridden per process with RESEARCHVAULT_ROOT, ZOTERO_DATA_DIR, MINERU_EXECUTABLE, or RESEARCHVAULT_ARCHIVE_ROOT. RESEARCHVAULT_CONFIG selects another TOML config file. CLI flags override configuration where offered. Do not commit your local config.toml.

Canonical Vault layout

/
├── 01knowledge/
│   ├── index.md
│   ├── log.md
│   ├── _index/
│   └── .meta/                 # claims and gaps; machine metadata only
├── 02vault/