🔍 AIアシスタントがシンプルなMCPインターフェースを通じてPubMedの記事を検索、アクセス、分析できるようにします。

PubMed MCPサーバーは、モデルコンテキストプロトコル(MCP)を通じて、AIアシスタントとPubMedの膨大な生物医学文献リポジトリをつなぐ橋渡しを提供します。これにより、AIモデルは科学論文を検索し、そのメタデータにアクセスし、プログラム的に詳細な分析を行うことができます。

🤝 貢献 • 📝 バグを報告する

✨ コア機能

• 🔎 論文検索:キーワードや高度な検索✅でPubMed記事を検索
• 🚀 効率的な検索:紙のメタデータ✅への迅速なアクセス
• 📊 メタデータアクセス:特定の論文✅の詳細なメタデータを取得する
• 📊 研究支援:生物医学科学の研究と分析✅の促進
• 📄 紙のアクセス:全文PDFコンテンツ✅のダウンロードを試みる
• 🧠 ディープ分析:論文✅の包括的な分析を行う
• 📝 リサーチプロンプト:論文分析✅のための専門的なプロンプトのセット

🚀 クイックスタート

前提条件

• Python 3.10+
• FastMCPライブラリ

就任

Smithery経由のインストール

Claude Desktop用のpubmed-mcp-serverをSmithery経由で自動インストールするには:

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PubMed MCP Server

🔍 Enable AI assistants to search, access, and analyze PubMed articles through a simple MCP interface.

The PubMed MCP Server provides a bridge between AI assistants and PubMed’s vast repository of biomedical literature through the Model Context Protocol (MCP). It allows AI models to search for scientific articles, access their metadata, and perform deep analysis in a programmatic way.

🤝 Contribute • 📝 Report Bug

✨ Core Features

• 🔎 Paper Search: Query PubMed articles with keywords or advanced search ✅
• 🚀 Efficient Retrieval: Fast access to paper metadata ✅
• 📊 Metadata Access: Retrieve detailed metadata for specific papers ✅
• 📊 Research Support: Facilitate biomedical sciences research and analysis ✅
• 📄 Paper Access: Attempt to download full-text PDF content ✅
• 🧠 Deep Analysis: Perform comprehensive analysis of papers ✅
• 📝 Research Prompts: A set of specialized prompts for paper analysis ✅

🚀 Quick Start

Prerequisites

• Python 3.10+
• FastMCP library

Installation

Installing via Smithery

To install pubmed-mcp-server for Claude Desktop automatically via Smithery:

claude

npx -y @smithery/cli install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client claude

Cursor

Paste the following into Settings → Cursor Settings → MCP → Add new server:

• Mac/Linux

npx -y @smithery/cli@latest run @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cursor --config "{}" 

Windsurf

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client windsurf --config "{}"

CLine

npx -y @smithery/cli@latest install @JackKuo666/pubmed-mcp-server --client cline --config "{}"

1. Clone the repository:

   git clone https://github.com/JackKuo666/PubMed-MCP-Server.git
   cd PubMed-MCP-Server
   

2. Install the required dependencies:

   pip install -r requirements.txt
   

📊 Usage

Start the MCP server:

python pubmed_server.py

Usage with Claude Desktop

Add this configuration to your claude_desktop_config.json:

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "pubmed-mcp-server"]
      }
  }
}

(Windows version):

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR\\PATH\\miniconda3\\envs\\mcp_server\\python.exe",
      "args": [
        "D:\\code\\YOUR\\PATH\\PubMed-MCP-Server\\pubmed_server.py"
      ],
      "env": {},
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Using with Cline

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "bash",
      "args": [
        "-c",