andybrandt/mcp-simple-pubmed
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andybrandt/mcp-simple-pubmed は、https://github.com/andybrandt/mcp-simple-pubmed. からインポートされたMCPサーバー候補です。
概要
andybrandt/mcp-simple-pubmed は、https://github.com/andybrandt/mcp-simple-pubmed. からインポートされたMCPサーバー候補です。
概要（AI 翻訳）
Entrez APIを通じてPubMedの記事へのアクセスを提供するMCPサーバーです。
特徴
道具
- Search PubMed - キーワード、MeSH用語、著者名、日付範囲、ブール演算子を使ってデータベースを検索
- 全文を取得 - 利用可能な全文をダウンロード(PubMed Centralのオープンアクセス記事用)
- 要旨アクセス - リソースURIを通じて記事要旨やメタデータを取得する
プロンプト(v0.1.14に新たに追加)
MCPプロンプトは効果的なPubMed検索の作成を支援します:
- システマティックレビュー検索 - MeSH用語、同義語、日付フィルターを用いたシステマティックレビューの包括的な検索戦略を生成します
- PICO検索 - PICOフレームワーク(集団、介入、比較、アウトカム)を用いて臨床質問検索を構築する
- 著者検索 - 特定の著者の著作を固有名書形式で検索
これらのプロンプトはAIが最適化されたPubMedクエリを作成するよう導き、徹底的な文献検索を容易にします。
注記
なお、ツールはXML化された全文を返します。
このページは AI により自動翻訳されています。技術的な詳細は原文をご確認ください。
README
以下は原文 README の抜粋です。原文を見る。
MCP Simple PubMed
An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.
Features
Tools
- Search PubMed - Search the database using keywords, MeSH terms, author names, date ranges, and Boolean operators
- Get Full Text - Download full text when available (for open access articles in PubMed Central)
- Access Abstracts - Retrieve article abstracts and metadata via resource URIs
Prompts (New in v0.1.14)
MCP Prompts help you construct effective PubMed searches:
- Systematic Review Search - Generate comprehensive search strategies with MeSH terms, synonyms, and date filters for systematic reviews
- PICO Search - Build clinical question searches using the PICO framework (Population, Intervention, Comparison, Outcome)
- Author Search - Find all publications by a specific author with proper name formatting
These prompts guide the AI to build optimized PubMed queries, making it easier to conduct thorough literature searches.
Notes
Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a “human readable” text would have been as it gives them additional information about document’s structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.
Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper’s full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.
In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.
Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.
Installation
Installing via Smithery
To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:
npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude
Manual Installation
pip install mcp-simple-pubmed
インストール
npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude設定
{
"mcpServers": {
"simple-pubmed": {
"command": "python",
"args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
"env": {
"PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
"PUBMED_API_KEY": "your-api-key"
}
}
}
}