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boom5426/nature-paper-skills

Writing
415 stars Quality 72 Trend 72

从初稿搭建 · 结构修订 · 图文对齐 · 引用核验 · 投稿前预检 到 返修回复的全链路 journal-first · claim-driven · 证据边界优先

Overview

从初稿搭建 · 结构修订 · 图文对齐 · 引用核验 · 投稿前预检 到 返修回复的全链路 journal-first · claim-driven · 证据边界优先

README


[!NOTE] 这是一个强约束的仓库,不是"通用论文写作技巧集合"。默认立场是 journal-first、claim-driven、证据边界优先;未明确 venue 时按 Nature 系列期刊导向处理。

✨ 特性

  • 🎯 一图一主张:figure-planner 先定每张图的论点,nature-figure 出图,figure-style 查正确性
  • 🧱 结构先于润色:先用 reverse outline 稳住证据链,再做句子级 scientific-prose-style
  • 🔬 证据边界优先:Abstract / Introduction 不允许比下游证据更强
  • 📊 统计与图注可审计:stats-reporting-audit 守住独立实验单元 n、多重比较、图注统计
  • 📎 引用卫生:citation-verifier 本地扫描 + 严重度分级,先查后投
  • 📦 可直接复制:每个 skill 自包含,脚本随目录分发,Codex 与 Claude Code 可并存

📦 快速开始

一条命令,不用克隆。脚本会自动识别你用的是 Codex 还是 Claude Code,装好推荐的 16 个 skill,并干净地覆盖旧版本。

curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Boom5426/Nature-Paper-Skills/main/install.sh | bash

装完后彻底重启 agent 让它加载新装的 skills(退出并重新打开 Claude Code 或 Codex,不是 /clear),再把这句话发过去:

用 paper-workflow 帮我判断这篇稿子下一步该用哪个 skill。

到这里就装完了,下面全是可选项。

[!TIP] 图形技能(nature-figure、figure-style)默认不在推荐安装集内,因为它们需要绘图后端(Python matplotlib / seaborn 或 R ggplot2)。nature-figure 的可选 AI 示意图路线另需 OPENROUTER_API_KEY,Python / R 绘图主路线不需要。加 --figure 即可安装。

🔄 默认工作流

flowchart TD
    A[paper-bootstrap] --> B[nature-portfolio-playbook]
    B --> C["scientific-writing / manuscript-optimizer"]
    C --> D[figure-planner]
    D --> E["nature-figure / figure-style"]
    E --> F[results-section-revision]
    F --> G[stats-reporting-audit]
    G --> H[citation-verifier]
    H --> H2[claim-source-verification]
    H2 --> I[data-availability]
    I --> J[scientific-prose-style]
    J --> K[submission-audit]
    K --> L[rebuttal-response]

工作流图中的 nature-figure / figure-style 属可选 Figure Stack,需按上方 TIP 额外安装。

写综述 / survey / perspective 时不走这条链:先用 review-article-architecture 立权威 plan,再用 draft-marker-discipline 建标记体系,压缩润色前先跑一次漂移审计。完整路径见 docs/workflow-map.md。

默认假设:

  • 以期刊稿为主,不以会议稿为主
  • 未明确 venue 时按 Nature 系列期刊导向处理
  • 先修结构与证据链,再做语句级润色

🧩 仓库里有什么

核心技能 skills/core/

Skill 作用
paper-workflow 顶层路由:选对 skill、按对顺序推进
paper-bootstrap 初始化论文项目、source of truth 与状态文件
scientific-writing 章节撰写与重写(全段落 prose)
manuscript-optimizer 结构、证据链、术语、图逻辑漂移修复
results-section-revision Results 小节级叙述结构修复
figure-planner 一图一主张、panel 角色、legend 同步、Nature 配色
citation-verifier 引用与 BibTeX 卫生 + 严重度分级 + LaTeX 工具链加固
claim-source-verification 对抗式核验:这条文献到底支不支持这句话
review-article-architecture 综述 / survey / perspective 架构:权威 plan、漂移审计、论点即宏
draft-marker-discipline 稿内标记体系、按解决途径分诊、真实字数、安全归档、断言式改稿
data-availability 数据可用性声明、仓库/accession、FAIR、中文对照
submission-audit 投稿前 / 返修前总预检
rebuttal-response 审稿意见回复与改稿联动
stats-reporting-audit 统计报告审计(n、重复性、多重比较、图注统计)
scientific-prose-style 句子级润色(em-dash 预算、hedging、句长节奏)

图形技能 skills/figure/

Skill 作用
nature-figure 提交级 Python / R 出图工作流 + 可选 OpenRouter AI 示意图(需绘图后端)
figure-style 出版级图形正确性与可读性清单 + 可移植 matplotlib 辅助函数

期刊定位技能 skills/venue/

Skill 作用
nature-portfolio-playbook 在 Nature / Nature Methods / Nature Biotechnology 间定位并做政策预检

研究与审稿技能 skills/research/ · skills/review/

Skill 作用
paper-analyzer 单篇论文的结构化深读
academic-researcher 文献综述与方法学支持
results-analysis 把实验输出转成可辩护的论文级结论
paper-reviewer 审稿人视角的方法 / 统计 / 复现性评估

可选技能 skills/optional/

Skill 作用
reference-audit-guide 引用核验原则
conference-paper-writing 仅用于 conference-first 流程
academic-presentations 论文转 slides / talk

🧭 设计原则

  • claim-driven,而不是 panel-driven
  • 一张主图尽量只承载一个主结论
  • 图注是结果叙述的第二层,不是只解释坐标轴
  • 主文只保留支撑本段 claim 的关键数字
  • 对已有章节重写前,先做 reverse outline
  • 不允许前半部分(Abstract / Introduction)比下游证据更强
  • venue 与 article type 要前置决策,不要末期再救火
  • 文献存在且元数据正确,不等于它支持那句话
  • 权威文档高于好想法:冲突要提出,不能靠改稿子解决

详见 workflow-map · skill-map · venue-routing · design-principles。

📐 仓库结构

Nature-Paper-Skills/
├── docs/            # 工作流图、安装说明、设计参考
├── examples/        # 期望输出与 handoff 样例
├── skills/
│   ├── core/        # 默认期刊工作流
│   ├── figure/      # 图形生产与图形正确性
│   ├── venue/       # 期刊定位与政策
│   ├── research/    # 文献、分析、证据生成
│   ├── review/      # 审稿人视角评估
│   └── optional/    # 有用但非默认的扩展
├── install.sh       # Codex / Claude Code 一条命令安装脚本
├── ATTRIBUTION.md
├── CONTRIBUTING.md
├── README.md
└── README.en.md

脚本随 skill 目录分发,保证 skill 可独立复制和复用。

🎯 适用范围

适用 不追求
Nature 系列生命科学 / 计算生物 / 方法学论文 覆盖所有期刊写作风格
methods / frameworks / benchmarks / resources / translational 会议模板大全
写作、修稿、投稿前预检与返修回复 全量研究平台编排
替代官方 author guidelines

🤝 贡献

贡献规范、命名约定和 PR 预期见 CONTRIBUTING.md。来源归因见 ATTRIBUTION.md。

🙏 致谢

本仓库部分代码和灵感来源于 OpenLAIR/dr-claw、罗小罗团队 Yuan1z0825/nature-skills 与 Claude Science skill pack,感谢所有为本项目贡献代码、文档和测试的开发者社区成员。逐项来源与许可见 ATTRIBUTION.md。

📄 许可

仓库自有内容为 MIT。部分 vendored skill(nature-figure、figure-style、scientific-prose-style、stats-reporting-audit 及若干合并片段)为 Apache-2.0,许可全文见 LICENSE-APACHE,覆盖范围见 NOTICE。

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