个人科研 skill 集

一套覆盖科研全流程的 skill，同时支持 Claude Code 和 Codex。

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为什么需要它

三个反复出现的失败，任何一个都会让综述作废：

中文检索不到文献。 PubMed、OpenAlex、Crossref 都不索引中文。实测「肠道菌群 AND 抑郁症」返回 0 篇，而 gut microbiota AND depression 返回 3877 篇。多数人以为工具坏了，其实是语言问题 —— 需要的是概念到英文主题词的映射，不是字面翻译。

AI 编造或错配引用。 投稿综述唯一致命的失效模式。引用已撤稿论文更糟 —— 不存在的 DOI 审稿人一眼看出，已撤稿的会跟着进正式发表。

罗列文献而非综合文献。 「张三等研究了……李四等研究了……」是研究生最常被退稿的问题。

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安装

Claude Code

放在项目内（推荐，跟项目一起走）：

cd 你的项目目录
git clone [email protected]:muye1112/skill.git .claude/_tmp
cp -r .claude/_tmp/skills .claude/
rm -rf .claude/_tmp

或装到全局：

git clone [email protected]:muye1112/skill.git
cp -r skill/skills/* ~/.claude/skills/

Codex

Codex 通过 .codex-plugin/plugin.json 加载：

1. 克隆本仓库到本地
2. Codex 命令面板运行 Install Plugin from Folder（或插件设置里选「从本地文件夹安装」）
3. 选择本仓库根目录（含 .codex-plugin/ 的那一层）

装好后直接说「精读这篇 PDF」「帮我做这个方向的文献综述」即可触发。

Codex 的优势是能读图。 论文的核心结果常在图表里，只读文字会漏。精读单篇优先用 Codex。

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给 Codex 接大模型

Codex 需要一个 LLM 后端。三条路，按国内可行性排序。

方式一 · 任意 OpenAI 兼容后端（国内直连可用，推荐）

Codex 支持指向自定义 base URL，所以国内模型也能接。编辑 ~/.codex/config.toml：

[model_providers.deepseek]
name = "DeepSeek"
base_url = "https://api.deepseek.com/v1"
env_key = "DEEPSEEK_API_KEY"

[profiles.deepseek]
model = "deepseek-chat"
model_provider = "deepseek"

然后设 key 并启动：

setx DEEPSEEK_API_KEY "sk-你的key"
# 关掉窗口重开（setx 只对新窗口生效）
codex --profile deepseek

同样写法适用于通义千问、Kimi、智谱或任何中转服务 —— 改 base_url、env_key、model 三处即可。

读图注意：DeepSeek 目前不支持读图。要用 Codex 的读图能力，得选支持视觉的模型，例如通义千问：

[model_providers.qwen]
name = "Qwen"
base_url = "https://dashscope.aliyuncs.com/compatible-mode/v1"
env_key = "DASHSCOPE_API_KEY"

[profiles.qwen-vl]
model = "qwen-vl-max"
model_provider = "qwen"

方式二 · ChatGPT 账号登录

需要 ChatGPT Plus / Pro / Business 订阅，用订阅额度不额外花钱。

codex login

选 Sign in with ChatGPT，浏览器授权。

方式三 · OpenAI API Key

需要国际信用卡。

1. platform.openai.com → Billing 充值（最低 5 美元）
2. API keys → Create new secret key
3. setx OPENAI_API_KEY "sk-你的key"
4. 关窗口重开，运行 codex

国内网络的现实

api.openai.com 和 auth.openai.com 在国内基本不通 —— 方式二和方式三都需要代理，没有代理的话即使买了 key 也连不上。

没有代理就走方式一接国内模型。

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结构

skills/
├── litreview/                  ← 主 skill，编排全流程
│   ├── SKILL.md                七阶段 + 引用防御六层
│   ├── references/
│   │   └── citation-defense.md 引用防幻觉（必读）
│   ├── scripts/
│   │   ├── verify_citations.py 引用真实性 + 撤稿校验
│   │   └── translate_query.py  跨库检索式转换 + 中文兜底
│   └── agents/openai.yaml      Codex 适配层
│
├── deeppapernote/              单篇精读 → Obsidian 笔记
├── deep-read-zotero/           批判性精读 v2.0 → Zotero 批量归档
│   ├── SKILL.md                5 问批判法 + MCP HTTP 直连原理
│   ├── codex/SKILL.md          Codex 适配版（串行流程 + 读图优势）
│   ├── references/
│   │   ├── critical-reading.md 批判性 5 问方法论（Sartorius & Thornicroft 2025）
│   │   └── note-template.md    v2.0 笔记 HTML 模板 + 写作检查清单
│   └── scripts/
│       ├── mcp_client.py       Zotero MCP HTTP 直连客户端（绕开客户端工具故障）
│       └── zotero_import.py    精读笔记批量导入 + 验证工具
├── paper-glossary/             术语表构建
├── liteparse/                  PDF 解析
│
├── literature-review/          系统综述七阶段
├── literature-review-agent/    综述方法论
├── survey-generation/          综述文章生成
├── related-work-writing/       相关工作章节
│
├── idea-generation/            研究想法生成
├── novelty-assessment/         创新性评估
├── atomic-decomposition/       原子命题分解
├── backward-traceability/      论断反向溯源
│
├── peer-review/                同行评审
├── self-review/                投稿前自查
├── scholar-evaluation/         学术评估
├── scientific-writing/         写作规范
│
├── citation-management/        引用管理 / BibTeX
├── paper-lookup/               文献查找
├── research-lookup/            跨源检索
├── pyzotero/                   Zotero 读写
│
└── skill-creator/              提炼新 skill（Anthropic 官方）

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两个脚本可以单独用

不装 skill 也能直接跑，只用 Python 标准库，无需 pip install。

校验引用真实性：

python skills/litreview/scripts/verify_citations.py 我的综述.md --email [email protected]

实测输出：

  [1/5] 通过  10.1016/j.ebiom.2023.104527  Gut microbiota and its metabolites in depression
  [4/5] 编造  10.1038/s41586-024-99999-x  (第 9 行)
  [5/5] 不匹配 10.1016/j.ebiom.2023.104527  相似度 0.51
                文档写: Fecal microbiota transplantation for treatment-resistant dep
                实际是: Gut microbiota and its metabolites in depression: from patho

抓三类问题：编造的 DOI、张冠李戴（DOI 真实但配错文献）、已撤稿论文。

转换检索式：

# 中文兜底翻译
python skills/litreview/scripts/translate_query.py "肠道菌群 抑郁症 随机对照试验"

# 跨库转换
python skills/litreview/scripts/translate_query.py '("gut microbiota"[tiab]) AND depression[tiab]'

# 零结果诊断
python skills/litreview/scripts/translate_query.py "肠道菌群 AND 抑郁症" --diagnose

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一句必须说清的话

AI 产出的是草稿，不是能直接投稿的成品。

STORM（斯坦福，30k★）官方明确声明产物达不到可发表水准。目前没有任何工具能端到端产出可投稿的综述。

定位是：引用可溯源的高质量初稿 + 人工精修。核查这一步无法省略。

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许可

自研部分（skills/litreview/）采用 MIT。其余 skill 保留各自原许可，来源见各目录内文件。