jing1312/nature-figure-skill

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✨ 模板长这样（真实渲染）

下面每张图都是 FigureForge 内置模板的真实输出——不是效果图：选骨架、改数据、一键导出 SVG / PNG / TIFF / PDF / PPTX。

进阶图形——组学、队列与项目管理级别的复杂图型，同样开箱即用：

生物信息图鉴——簇状点阵热图、相关性矩阵、环形热图、Mantel 检验、GSEA、PCA 置信椭圆、边际密度散点等生信高频图型，NPG 风格配色：

进阶图鉴（新增）——OncoPrint、瀑布图、冲积图、山脊图、Bland-Altman 一致性、免疫组成堆叠面积、森林图、曼哈顿图，8 个临床与组学高频图型：

高阶图鉴（新增）——弦图、UpSet、网络图、三元相图、聚类热图、矩形树图、旭日图、六边形密度、平行坐标，9 个高阶构图：

Ultra 图鉴（新增）——Circos 环状图、QQ 图、KM 生存曲线+风险表、雨云图、GO 棒棒糖图、维恩图、甘特图、放射状树状图、测序覆盖度轨道：

Max 图鉴（新增）——散点矩阵、MA 图、通路点图、圆填充、排名凹凸图、二维等高线密度、哑铃图、发散堆叠条、日历热图：

Nova 图鉴（新增）——桑基流、圆环相关图、马赛克图、PCA 双标图、人口金字塔、环形热图、双轴组合图、伪 3D 响应面、ECDF+KS 检验：

Apex 图鉴（新增）——漏斗图、Taylor 图、弧线图、冰柱图、蜂群图、周期图、地平线图、子弹图、华夫图：

🧪 FigureForge — 不写代码的出图方式

在线打开（无需安装）：jing1312.github.io/nature-figure-skill/figureforge/

核心能力

• 无限画布（VibePaper 式工作区）：一句话生成图表上画布；图表 / 图片 / 便签 / 文本四类节点卡片自由排列，拖动端口建立参考连线；素材广场内置 9 套图鉴 83 面板随取随用；双击卡片进编辑器精修，改完自动写回。
• 22 个出版级模板：柱状图（superplot 原始点叠加）、聚类热图（行列树状图 + 发散色阶）、火山图、森林图、KM 生存曲线、小提琴图、箱线图、多面板综合图……全部按投稿标准预置误差棒、显著性括号、置信带与图例位置。
• 16 组精选色卡：Tableau 10、Tol Muted、Economist、莫兰迪、马卡龙、Candy 粉蓝绿黄紫、Berry 蓝紫粉同族等；系列联动改色——改一处颜色，同系列数据点、图例、色标全部同步，一次撤销整组回退。
• Figma 手感编辑：智能参考线吸附（Alt 临时关闭）、Shift+点击 / 框选多选、Ctrl+G 成组、四角手柄缩放、方向键微移、全程撤销重做；多选自动浮出对齐 / 等距分布工具条，格式刷一键复制样式，导入的外部 SVG 自动拆分为逐元素可编辑（嵌套 transform 组也精确命中）。
• 位图编辑套件：拖入或 Ctrl+V 粘贴截图即可上画布，双击裁剪、90° 旋转、镜像、亮度/对比度/饱和度调整。
• 昼夜双主题：☀ / 🌙 一键切换，全屏星空过渡动画；工作区背景 14 种可选。
• 会话自动保存：编辑实时存入浏览器，关页重开接着改；也可导出 .json 项目文件。
• 多格式导出：SVG（文字可编辑）/ PNG / TIFF（含 dpi 元数据，可直接投稿）/ PDF（矢量，文字可选中）/ PPTX，分辨率 1×–4×、300/600 dpi。

与 AI 工作流的关系：FigureForge 不替代代码化出图——它覆盖前期布局设计（先定骨架再填数据）和后期微调（AI 出图后拖两下改到位）两端。

🤖 nature-figure — Agent Skill 出图工作流

把 SKILL.md 装进你的 Agent（Claude Code / Codex 等），配图就从「一次性脚本」变成「可审查的生产线」：

图表契约 → 后端门禁 → 单后端绘制 → 布局与 QA → 独立导出 → 交付清单

工作流内置三条硬规则，对应配图返工的三大重灾区：

① 独立图集导出 —— 三张图就是三张图，禁止静默拼成一张；整套图共享字体、轴措辞、颜色语义与统计精度。

def save_pub_set(fig, out_dir, stem, dpi=600):
    fig.savefig(out_dir / f'{stem}.svg',  bbox_inches='tight')  # 主产物：可编辑
    fig.savefig(out_dir / f'{stem}.pdf',  bbox_inches='tight')  # TrueType 嵌入
    fig.savefig(out_dir / f'{stem}.tiff', dpi=dpi, bbox_inches='tight')  # 印刷
    plt.close(fig)

② 非遮挡式标注 —— 图例、统计框一律离开数据密集区；统计条无框、比数据安静：

ax.legend(loc='center left', bbox_to_anchor=(1.02, 0.5), frameon=False, fontsize=6)
add_stat_strip(ax, 'Pearson r = 0.83, n = 46')   # 内置 helper

③ 语义配色 —— 颜色是科学语言：先定角色（主方法 / 对照 / 阈值 / 背景），再按显著性分色；用户给的颜色列表是「调色方向」而不是按序套用。

🚀 快速开始

浏览器（零安装）：直接打开 FigureForge 在线版，选模板开始拖。

交给 Agent：

请安装这个 Agent Skill：https://github.com/jing1312/nature-figure-skill
先审查仓库内容和 SKILL.md，再整目录安装到你当前 Agent 的 Skills 目录。
完成后告诉我实际安装路径和验证结果。

手动安装（整目录复制，技能依赖 references/ 等文件）：

git clone https://github.com/jing1312/nature-figure-skill.git
cd nature-figure-skill
mkdir -p ~/.codex/skills
cp -R skills/nature-figure ~/.codex/skills/    # 主力技能，含全部扩展

更多细节见 install.md。

📦 交付产物

不是「一张位图」，而是每张图一组投稿级文件：

figure-01.svg    ← 主产物：文字保持可编辑，编辑部可直接改字
figure-01.pdf    ← TrueType 嵌入，投稿伴生版
figure-01.tiff   ← 600 dpi，满足多数期刊印刷要求
figure-01.png    ← 预览/演示用

🗺 Roadmap

• [x] 22 个出版级模板 + 16 组色卡
• [x] 昼夜主题 / 位图编辑套件 / 系列联动改色 / 撤销重做全覆盖
• [x] 多行文本编辑（tspan 拆行）
• [x] 矢量 PDF 导出（svg2pdf.js + jsPDF，文字保持可选中）
• [ ] 柱状图 hatch / 点纹理填充（黑白印刷友好）
• [x] 雷达图、效应量漏斗图、甘特时间轴等新图型（已随素材广场 9 套图鉴 83 面板上线）
• [ ] FigureForge ↔ Python 管线闭环（编辑器 SVG → save_pub_set 一键补齐 PDF/TIFF）
• [ ] 期刊规格预设：89 / 183 mm 栏宽检查、字号下限检查
• [ ] 色觉无障碍模拟预览
• [ ] GitHub Actions：模板 XML 有效性 + 语法门禁

📚 随仓库附带的科研技能包

🔍 派生透明度

📄 许可与致谢

• FigureForge 编辑器及本仓库的文档、模板扩展 © jing1312，按 MIT 许可发布。
• nature-* 技能内容衍生自 Yuan1z0825/nature-skills © Yuan Yizhe 及其贡献者，MIT 许可；原版权声明保留于 LICENSE。
• 欢迎提 Issue / PR；也欢迎直接用 在线编辑器 出你的下一张投稿图。