MCP服务器和ENCODE项目的Claude Code插件：通过20个工具、47项技能和7条Nextflow管道，搜索、下载和分析ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq、WGBS、Hi-C和CUT&RUN数据
概览
搜索ENCODE，交叉引用14个数据库，运行7条分析流程，并生成可发表的方法——所有这些都用Claude代码的自然语言完成。 从ENCODE开始，但要走遍所有领域：发现组蛋白峰，交叉比对GWAS变体，检查ClinVar致病性，提取GTEx表达，分析JASPAR中的TF结合基序，运行流程，并生成具完整来源信息的可发表方法——一次对话中完成。 亚历克斯·M·毛拉。（2026）。ENCODE-Toolkit：一个MCP服务器、Claude插件及用于ENCODE基因组数据访问和分析的技能套件。Zenodo。https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511 开始新的Claude代码会话并输入： 就这些。所有20个工具、47个技能和MCP连接器现在都可用了。 仅MCP安装（仅使用工具，无技能） 如果你只需要20个MCP工具，却不需要47个工作流程技能： 或者在MCP客户端配置中：{ “command”： “npx”， “args”： [“encode-toolkit”] }
概述（AI 翻译）
搜索ENCODE，交叉引用14个数据库，运行7条分析流程，并生成可发表的方法——所有这些都用Claude代码的自然语言完成。
从ENCODE开始，但涵盖所有领域：发现组蛋白峰，与GWAS变体交叉比对，检查ClinVar致病性，提取GTEx表达，分析JASPAR中的TF结合基序，运行流程，并生成具完整来源的可发表方法——一次对话中完成。
引用说明
如果您使用 ENCODE-Toolkit，请注明：
亚历克斯·M·莫拉。（2026）。ENCODE-Toolkit：一个MCP服务器、Claude插件及用于ENCODE基因组数据访问和分析的技能套件。Zenodo。https://doi.org/10.5281/zenodo.18917511
BibTeX
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Claude 代码插件（推荐）
开始新的Claude代码会话并输入：
就这些。所有20个工具、47个技能和MCP连接器现在都可用了。
仅MCP安装（仅使用工具，无技能）
如果你只需要20个MCP工具，却不需要47个工作流程技能：
其他编辑与平台
NPX（Node.js 1）
或者在MCP客户端配置中：{ "command": "npx", "args": ["encode-toolkit"] }
PIP安装
本页由 AI 翻译，技术细节请以原文为准。
README
以下为原文 README 节选，完整内容请查看原文。
ENCODE Toolkit — Genomics Research Infrastructure for Claude
Search ENCODE, cross-reference 14 databases, run 7 analysis pipelines, and generate publication-ready methods — all from natural language in Claude Code.
Start from ENCODE but go everywhere: discover histone peaks, cross-reference with GWAS variants, check ClinVar pathogenicity, pull GTEx expression, analyze TF binding motifs from JASPAR, run pipelines, and generate publication-ready methods with full provenance — in one conversation.
Citation Notes
If you use ENCODE-Toolkit, please cite:
安装
npx encode-toolkit配置
{
"mcpServers": {
"encode": {
"command": "encode-toolkit"
}
}
}