pancrepal-xiaoyibao/mcp-pubmed-server-pancrpal

Developer tools

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11 stars 6 forks Качество 80 Тренд 22Apache-2.0

Repository Install

一个用来让本地agent利用api高效爬取pubmed论文的mcp工具;第一开发hhx: https://github.com/hhx465453939/mcp-pubmed-server

Обзор

为 LLM Agent 提供结构化 PubMed 文献数据的 MCP 服务器。，专注数据提供，分析交给 LLM。 API Key 和 Email 均非必填。无 Key 时匿名运行（3 次/秒），有 Key 时 10 次/秒。 - POST /mcp — MCP 协议消息 - GET /mcp — SSE 事件流 - DELETE /mcp — 关闭会话 - GET /health — 健康检查配置文件位置： - : ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json (macOS) - : ~/.claude/config.json - : VS Code 设置中的 MCP Servers type 设为 streamableHttp，baseUrl 设为 http:// :8745/mcp 每个工具返回统一的 AgentResponse 结构，为 AI Agent 优化： - — 成功/错误状态 - — 类型化的返回数据 - — 执行上下文（耗时、分页、缓存状态） - — Agent 下一步操作建议（工具名 + 原因 + 参数）在项目根目录创建 api-keys.json（参见 api-keys.json.example）：

README

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PubMed MCP Server v3.0

为 LLM Agent 提供结构化 PubMed 文献数据的 MCP 服务器。Agent 友好的响应模型，专注数据提供，分析交给 LLM。

LLM Agent  PubMed MCP Server  PubMed / PMC / Unpaywall

核心能力： 文献搜索 / 智能缓存 / OA 全文下载 / Agentic 响应模型

快速开始

前置要求： Node.js v18.0.0+

1. 安装

# npm 全局安装
npm install -g mcp-pubmed-llm-server

# 或从源码构建
git clone [email protected]:PancrePal-xiaoyibao/mcp-pubmed-server-pancrpal.git
cd mcp-pubmed-server-pancrpal
npm install && npm run build

2. 配置

cp .env.example .env

编辑 .env：

PUBMED_API_KEY=你的NCBI_API密钥    # 可选，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/settings/
PUBMED_EMAIL=你的邮箱               # 可选（建议填写）
ABSTRACT_MODE=quick                 # quick(1500字符) | deep(6000字符)
FULLTEXT_MODE=disabled              # disabled | enabled | auto

说明： API Key 和 Email 均非必填。无 Key 时匿名运行（3 次/秒），有 Key 时 10 次/秒。

3. 运行

# npm 包
mcp-pubmed-llm-server
# 或
npx mcp-pubmed-llm-server

# 源码开发
npm run dev

# 源码生产
npm run build && npm start

传输模式

模式	适用场景	启动方式
stdio	本地 MCP 客户端集成	`npm start`（默认）
Streamable HTTP	服务端远程部署	`npm run start:http`

stdio 模式（默认）

npm start
# 或
node dist/index.js --mode=stdio

Streamable HTTP 模式

npm run start:http
# 或
node dist/index.js --mode=streamableHttp

Docker 部署：

cd docker
cp .env.example .env   # 编辑填入配置
docker compose up -d --build

验证：

curl http://localhost:8745/health
# {"status":"ok","mode":"streamableHttp","sessions":0}

端点：

POST /mcp — MCP 协议消息
GET /mcp — SSE 事件流
DELETE /mcp — 关闭会话
GET /health — 健康检查

MCP 客户端配置

Claude Desktop / Claude Code / Cline

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "mcp-pubmed-llm-server"],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥（可选）",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱（可选）",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}

配置文件位置：

Claude Desktop: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json (macOS)
Claude Code: ~/.claude/config.json
Cline: VS Code 设置中的 MCP Servers

Cherry Studio

stdio 模式： 同上配置，type 设为 stdio

streamableHttp 模式： type 设为 streamableHttp，baseUrl 设为 http://:8745/mcp

工具列表（8 个）

文献搜索

工具	说明	关键参数
`pubmed_search`	文献搜索，支持 Boolean/MeSH	`query`, `max_results`, `days_back`, `sort_by`, `format`

Открыть полный README на GitHub

Установка

npx -y mcp-pubmed-llm-server

Новичок в MCP? Начните с руководства на mcpskill.org →

Конфигурация

{
  "mcpServers": {
    "pubmed": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "mcp-pubmed-llm-server"],
      "env": {
        "PUBMED_API_KEY": "你的API密钥（可选）",
        "PUBMED_EMAIL": "你的邮箱（可选）",
        "ABSTRACT_MODE": "deep",
        "FULLTEXT_MODE": "enabled"
      }
    }
  }
}