andybrandt/mcp-simple-pubmed

Эта страница переведена автоматически. Технические детали смотрите в оригинале. Открыть оригинал

171 stars 34 forks Качество 73 Тренд 17MIT

andybrandt/mcp-simple-pubmed — это кандидат для MCP-сервера, импортированный из https://github.com/andybrandt/mcp-simple-pubmed..

Обзор

andybrandt/mcp-simple-pubmed — это кандидат для MCP-сервера, импортированный из https://github.com/andybrandt/mcp-simple-pubmed..

Обзор (машинный перевод)

MCP-сервер, предоставляющий доступ к статьям PubMed через API Entrez.

Особенности

Инструменты

Поиск по PubMed - Поиск в базе данных по ключевым словам, терминам MeSH, именам авторов, диапазонам дат и булевым операторам
Получить полный текст - Скачайте полный текст, когда он доступен (для статей с открытым доступом в PubMed Central)
Получить доступ к аннотациям - Получить аннотации статей и метаданные через ресурсные URI

Подсказки (Новые в версии 0.1.14)

Подсказки MCP помогают создавать эффективные поисковые запросы в PubMed:

Поиск по систематическим обзорам - Генерируйте комплексные стратегии поиска с использованием терминов, синонимов и фильтров дат MeSH для систематических обзоров
PICO Search - Постройте поиск клинических вопросов с использованием фреймворка PICO (Популяция, Вмешательство, Сравнение, Исход)
Поиск по автору — Найти все публикации конкретного автора с правильным форматированием имени

Эти подсказки помогают ИИ создавать оптимизированные запросы PubMed, что облегчает проведение тщательного поиска литературы.

Примечания

Обратите внимание, что инструмент возвращает XML-версию полного текста.

Эта страница переведена автоматически. Технические детали смотрите в оригинале.

README

Показан фрагмент оригинального README. Открыть оригинал.

MCP Simple PubMed

An MCP server that provides access to PubMed articles through the Entrez API.

Features

Tools

Search PubMed - Search the database using keywords, MeSH terms, author names, date ranges, and Boolean operators
Get Full Text - Download full text when available (for open access articles in PubMed Central)
Access Abstracts - Retrieve article abstracts and metadata via resource URIs

Prompts (New in v0.1.14)

MCP Prompts help you construct effective PubMed searches:

Systematic Review Search - Generate comprehensive search strategies with MeSH terms, synonyms, and date filters for systematic reviews
PICO Search - Build clinical question searches using the PICO framework (Population, Intervention, Comparison, Outcome)
Author Search - Find all publications by a specific author with proper name formatting

These prompts guide the AI to build optimized PubMed queries, making it easier to conduct thorough literature searches.

Notes

Please note that the tool returns XML-ized version of full text. It is however more useful for AIs than a “human readable” text would have been as it gives them additional information about document’s structure. At least, this is what Claude 3.5 Sonnet said he prefers.

Please also note that inability of this tool and possibly other tools to deliver a paper’s full text may not be due to the fact that it is not available. When testing this tool I came across a paper that did not have full text on PubMed and when Claude accessed the publication URL (which we did get through DOI) using fetch he did get a "forbidden” error. However, I was able to access the very same page using a regular browser.

In other words if your AI assistant is not able to get the full text of a paper using this tool it is worth trying manually with a regular web browser.

Finally, this tool of course can’t give you access to paywalled/paid papers. You may be able to read them through your library access or – as a last resort – through a certain site that strives to make publicly funded research freely available.

Installation

Installing via Smithery

To install Simple PubMed for Claude Desktop automatically via Smithery:

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Manual Installation

pip install mcp-simple-pubmed

Открыть полный README на GitHub

Установка

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

Новичок в MCP? Начните с руководства на mcpskill.org →

Конфигурация

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "[email protected]",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}