워크플로우를 위한 휴대용 에이전트 스킬 및 로컬 도구 세트:

저장소는 전체 워크플로우와 Literature Retrieval Skill의 정식 소스입니다. 새로운 금고 콘텐츠는 01knowledge/, 02vault/, 03fulltext/, 模板/] 하나의 레이아웃을 사용합니다. 어떤 도구도 저자의 드라이브 문자나 개인 스크립트를 요구하지 않습니다.

요구 사항

• Python 3.11 또는 그 이후. 번들로 제공되는 도구들은 Python 표준 라이브러리만 사용합니다.
• 로컬 Zotero 데이터베이스나 첨부파일을 읽을 경우 Zotero 데스크톱.
• MinerU는 선택 사항입니다; PDF 변환이 필요하면 별도로 설치하세요. 변환 러너는 설정 시 실행 경로를 수용합니다.
• Obsidian은 Markdown 편집 및 탐색에 선택 사항입니다. Dataview는 자신의 인덱스 페이지에서 Dataview를 사용하는 사용자에게 선택 사항입니다.
• rg (ripgrep)은 선택 사항입니다. 기술들은 에이전트가 없는 경우 프로젝트 검색 도구를 사용할 수 있습니다.

Zotero 데이터베이스, PDF, 개인 Vault 콘텐츠, API 패키지, 자격 증명은 포함되어 있지 않습니다.

설치

macOS/Linux에서는 다음을 사용하세요:

init_vault.py는 누락된 디렉터리만 생성하고, 누락된 번들 템플릿만 복사하며, 존재하지 않는 경우에만 로컬 [config.toml를 생성합니다.

Zotero Analytical Workflow Skills

A portable set of agent Skills and local tools for the workflow:

Zotero → MinerU Fulltext → Analytical Notes → Knowledge → Literature Retrieval

The repository is the canonical source for the complete workflow and for the Literature Retrieval Skill. New Vault content uses one layout: 01knowledge/, 02vault/, 03fulltext/, and 模板/. No tool requires the author’s drive letters or private scripts.

Requirements

• Python 3.11 or newer. The bundled tools use only the Python standard library.
• Zotero Desktop if reading the local Zotero database or attachments.
• MinerU is optional; install it separately if PDF conversion is required. The conversion runner accepts the executable path in configuration.
• Obsidian is optional for editing and navigating Markdown. Dataview is optional for users whose own index pages use Dataview.
• rg (ripgrep) is optional. The Skills can use the agent’s available project search tools when it is absent.

No Zotero database, PDF, private Vault content, API package, or credential is included.

Installation

git clone https://github.com/cheneternity/Zotero-Analytical-Workflow-Skills.git
cd Zotero-Analytical-Workflow-Skills
py -3.11 -m venv .venv
.\.venv\Scripts\Activate.ps1
python tools/init_vault.py --vault-root "E:\ResearchVault"

On macOS/Linux, use:

python3.11 -m venv .venv
source .venv/bin/activate
python tools/init_vault.py --vault-root "$HOME/ResearchVault"

init_vault.py creates only missing directories, copies only missing bundled templates, and creates a local config.toml only if it does not exist. It does not modify existing research files or Zotero data.

Set the Zotero and MinerU locations in the generated, git-ignored config.toml (format shown below), then check the setup:

python tools/check_environment.py

The checker is read-only. Zotero, MinerU and rg are optional capabilities and show WARN when not configured; missing Python, Vault folders or bundled tools show FAIL.

Configuration

Copy config.example.toml or let the initializer create config.toml. Paths are local filesystem paths; use TOML strings and forward slashes for portable examples:

[paths]
vault_root = "E:/ResearchVault"
zotero_data_dir = "C:/Users/alex/Zotero"
mineru_executable = "C:/Tools/MinerU/mineru.exe"
archive_root = "E:/ResearchVault/_staging/mineru"

Any value can be overridden per process with RESEARCHVAULT_ROOT, ZOTERO_DATA_DIR, MINERU_EXECUTABLE, or RESEARCHVAULT_ARCHIVE_ROOT. RESEARCHVAULT_CONFIG selects another TOML config file. CLI flags override configuration where offered. Do not commit your local config.toml.

Canonical Vault layout

/
├── 01knowledge/
│   ├── index.md
│   ├── log.md
│   ├── _index/
│   └── .meta/                 # claims and gaps; machine metadata only
├── 02vault/